《闪电十一人GO》描述新主人公“松风天马”的新冒险，并讲述《闪电十一人3》十年后的故事，少年松风天马来到雷门中学作为游戏故事的开始。但在这次故事中，足球则并没有过去那么火热，而是由足球管理组织“フィフスセクター”所管理支配，雷门中学作为一间足球名校，被这个神秘的组织所暗中盯中，足球的未来发展会怎么样呢?